生態文明建設是中國特色社會主義事業的重要內容，關係人民福祉，關乎民族未來。建立水環境生態補償機制是貫徹落實科學發展觀的一項重要舉措，有利於加快生態文明建設，實現不同地區、不同利益群體的和諧發展。由於涉及到複雜的利益關係調整，並受制於多重因素影響，當前水生態補償機制建設存在著一些問題和不足。
當前水環境生態補償機制建設存在以下幾個方面的問題:
一是缺乏保護意識。人們生態環境保護的意識不夠，重經濟輕生態現象仍然嚴重，為了獲得眼前利益，幾乎不顧及環境代價。地方政府仍然重視GDP評價，放開環保口子，提供優惠條件，招商引資，發展工業。一批產業層次低、高消耗、高汙染的專案在經濟欠發達的生態保護區落戶。有的企業為獲得更高的利潤，縮減對環境保護的資金投入，有些廢棄物甚至沒有經過任何過濾和處理就直接排放到了江河 ，對整個流域的環境造成巨大的破壞。
二是工作力度不足。基礎工作和技術支撐不到位，生態補償標準體系、生態服務價值評估核算體系、生態環境監測評估體系建設滯後，生態補償的標準難以達到定量分析。政策法規建設滯後，生態補償機制的具體內容和基本環節尚未建立，生態補償立法遠遠滯後於生態問題的出現和生態管理的發展速度，資源開發、生態服務功能價值評估等具體補償工作缺乏依據。
三是水生態補償資金來源和方式比較單一。從資金渠道看，目前水生態補償最主要的資金來源是中央財政轉移支付，地方政府和企事業單位投入、優惠貸款、社會融資等其他渠道明顯缺失。產業扶持、技術援助、就業培訓等補償方式未得到應有的重視。此外，補償資金支付和管理監督不完善，有的地方資金沒有做到及時足額發放，有的甚至出現挪用資金現象。
四是水生態補償協調機制還未完全建立。目前，生態環境保護管理直接涉及林業、農業、水利、環保等多個部門，這些部門主導著生態保護政策的制定和執行，生態補償實際上成為“部門利益”主導的補償，管理職責交叉，在監督管理、整治專案、資金投入上難以形成合力。涉及多個部門實施生態補償時，由於缺乏完善的協調機制，部門間的協調性不強。
因此，必須進一步健全水生態補償機制，為生態文明的建設推波助瀾。習近平總書記在十九大報告中指出，加快生態文明體制改革，建設美麗中國。建立和完善水生態補償機制，必須認真落實科學發展觀，以統籌各區域的協調發展為主線，以體制創新、政策創新和管理創新為動力，堅持“誰開發誰保護、誰受益誰補償”的原則，因地制宜選擇生態補償模式，不斷完善政府對生態補償的把控手段，充分發揮市場機制作用，動員全社會積極參與，逐步建立公平公正、積極有效的生態補償機制，推動各個區域走上生產發展、生活富裕、生態良好的文明發展道路。具體來說，我們該如何去解決？
第一，進一步加強水生態補償宣傳教育力度。使各級領導幹部確立提供生態公共產品也是發展的理念，使生態保護者和生態受益者以履行義務為榮、以逃避責任為恥，自覺抵制不良行為。引導全社會樹立保護生態人人有責的思想，營造珍惜環境、保護生態的好氛圍。提升全社會生態補償意識，使“誰開發誰保護、誰受益誰補償”的意識深入人心。
第二，提供更加充足的科技和理論支撐，進一步完善政策法規體系。探索加快建立生態補償標準體系、生態服務價值評估核算體系、生態環境監測評估體系，研究制定自然資源和水生態環境價值的量化評價方法。要完善有關水生態補償的政策法規，儘快出臺水生態補償條例和實施細則，為水生態補償的規範化運作提供保障。
第三，加快推動建立水生態補償的多元化投入機制和多樣化補償模式。加快建立“環境財政”，加大財政支付中生態補償的力度。在中央和省級政府設立專門的生態建設資金列入財政預算，市級和縣級財政也要加大對生態補償和生態環境保護的支援力度。制定鼓勵性措施，引導一批企事業單位和社會力量通過資金投入、優惠貸款、社會捐贈等渠道參與水生態補償。要建立水生態補償“造血”機制，進一步豐富水生態補償的形式，減少純資金補償的“輸血”方式，以確保補償資金合理、高效用於水生態保護和修復。加大生態脫貧的政策扶持力度，加強生態移民的轉移就業培訓工作，加快群眾脫貧致富程序。
最後，加強組織領導，建立完善水生態補償協調機制。應理順和完善管理體制，克服多部門分頭管理、各自為政的現象，加強部門、地區的密切配合，整合生態補償資金和資源，形成合力，共同推進生態補償機制的加快建立。要進一步明確有關利益主體的權責，強化對利益主體的監管和考核評價，逐步建立事權清晰、監管高效的水生態補償協調機制。