公司的法定公积金不足以弥补以前年度亏损的，在依照前款规定提取法定公积金之前，应当先用当年利润弥补亏损；公积金弥补公司亏损，应当先使用任意公积金和法定公积金；仍不能弥补的，可以按照规定使用资本公积金；按前款规定弥补亏损后，仍有亏损的，可以减少注册资本弥补亏损。
按上述规定，新公司法下，公司财务亏损，亏损（累计未分配利润）弥补的来源与顺序如下：首先使用任意公积金和法定公积金弥补；然后使用当年利润弥补；仍有亏损的，使用资本公积弥补；还有亏损的，减少注册资本弥补。
使用任意公积金和法定公积金弥补及当年利润弥补亏损的，与旧公司法财务补亏规则类同，不同的是明确增加了以往没有规定的可用任意公积金弥补亏损的途径。因任意公积金和法定公积金均属于以前年度税后利润提取形成，属于税后利润的组成部分，用其弥补财务亏损计入“未分配利润”，不会产生企业所得税涉税问题。
使用资本公积弥补亏损的，取消了旧公司法资本公积不得用于弥补亏损的限制规定，属于新公司下的全新规定。新公司法下，公司以超过股票票面金额的发行价格发行股份所得的溢价款、发行无面额股所得股款未计入注册资本的金额以及国务院财政部门规定列入资本公积金的其他项目，均属可用于弥补亏损的资本公积来源。
“发行股份所得的溢价款”、“发行无面额股所得股款未计入注册资本的金额”属于股东投资形成，形成初期属于依合同、协议约定作为资本公积且在会计上已做实际处理的部分，按目前企业所得税规定不属于收入总额的范围。但按新公司规定，期后这些部分用于弥补亏损计入“未分配利润”，是否涉及企业所得税，依据空白，没有涉税规范。
“国务院财政部门规定列入资本公积金的其他项目”，主要包括“权益结算的股份支付形成”、“权益法核算下的长期股权投资，被投资单位除净损益、其他综合收益、利润分配外的其他所有者权益的变化形成”、“权益性交易形成”几个部分，期后这些部分用于弥补亏损计入“未分配利润”，是否符合会计核算规定，如何进行会计核算，目前没有明确指引。企业所得税，同样空白，没有涉税规范可予遵从。
减少注册资本弥补的，属于新公司法突破性新规定，需要发布减资公告。但减少注册资本时，不按照股东出资或者持有股份的比例相应减少出资额或者股份，不向股东分配，也不免除股东缴纳出资或者股款的义务。按新公司的该规定，减少注册资本弥补亏损的，股东对公司的投资成本（长期股权投资）应保持不变，公司减少注册资本与实收资本（股本）相关的部分应计入“未分配利润”，是否应如此会计核算有待明确。企业所得税方面，减少注册资本计入“未分配利润”的部分，按新公司法规定，应不属于从公司撤回或减少投资，但是否属于股东向公司赠与应计入收入总额，同样需要明确需要规范。